한일 군사정보보호협정이 일본의 재무장을 공식 승인할 뿐 아니라 한반도 화해협력에도 정면 배치된다는우려가 나오고 있다.
한일 군사정보보호협정이 미칠 파장에 대해 학계 전문가들은 심각한 우려를 나타냈다. 이 협정문에는 ''각 당사자의 국가안보 이익상 보호가 필요한방위 관련 모든 정보를 상호 제공한다''고 규정하고 있다. 이장희 외국어대 법학전문대학원 교수는 "이 협정을 통해 우리가 일본 자위대에 군사정보를 제공하는 것은 일본 평화헌법에서 금지하고 있는 일본의 재무장을 승인하고 있다"고 지적했다.
또,이 협정의 추진 배경에는 미국이 중국 견제를 위해 한미일 미사일 방어체제를 구축하려는 전략이 담겨 있어 동북아 긴장을 높일 것으로 예상했다. 동국대 이철기 교수는 " 한일정보보협정으로 인해 미사일 방어체제가 구축되면 북한으로서는 이를 무력화하기 위해 탄도미사일 증강을 서두를 가능성이 있다. 이렇게 되면 오히려 북한의 군사적 긴장상태, 한국의 군사안보환경이 악화될 가능성이 있다.이 한일간의 정보교환이 북한정보를 얻기 위해서라고 말하지만, 사실상 중국견제라고 볼 수있다. 따라서 한일간 군사정보협정이 체결되고, 한미간에 군사동맹 체제가 강화될 경우 중국의 상당한 반발을 가져오고 한반도,더 나아가 동북아 긴장을 가져와서 우리의 안보환경 상당히 악화시킬 가능성이 있다"고 말했다.
아울러 이 협정이 체결될 경우 6.15공동선언과 10.4선언 등 그간의 남북화해협력의 성과를 무너뜨리고, 새 정부가 들어서더라도 남북관계 개선에 큰 걸림돌이 될 것으로 우려했다.
따라서 이 협정이 군사안보와 직결된 조약이기 때문에 국회비준을 정식으로 받아야 하고,국가이익에 배치될 수 있기 때문에 폐기해야 한다고 이장희 교수는 주장했다.