검찰이 노무현 전 대통령의 지시에 따라 2007년 남북정상회담 대화록 초본 삭제가 이뤄진 것으로 결론을 내렸다.
사건을 수사한 서울중앙지검 공안2부(김광수 부장검사)는 노무현 전 대통령의 지시로 대화록을 삭제한 혐의(대통령기록물관리법 위반죄 공용전자기록등 손상죄)로 백종천 전 청와대 안보실장과 조명균 전 청와대 안보정책비서관을 불구속기소했다.
검찰은 백 전 실장 등이 노 전 대통령의 지시로 대화록 초안을 삭제했고, 대화록 최종본이 국가기록원에 이관되지 않은 경위 역시 단순 실수가 아니라 당시 청와대가 고의로 대화록을 이관하지 않았다고 판단했다.
검찰은 특히 쟁점이 됐던 대화록 초안의 성격에 대해 대통령기록물로 판단하고, 백 전 실장 등이 대화록 초안 삭제와 관련한 형사적 책임이 있다고 판단했다.
검찰은 다만 백 전 실장과 조 전 비서관 외 실무자들에 대해서는 상부의 지시 또는 관련 부서의 요청에 따라 실무적인 차원에서 삭제 행위에 가담한 점 등을 감안해 별도로 입건하지 않았다.
또 참여정부 때 비서실장이었던 문재인 의원의 경우 회의록 삭제 및 미이관 혐의와 관련된 증거가 발견되지 않아 무혐의 처리했다.
검찰 조사결과 조 전 비서관은 지난 2007년 10월 9일 참여정부 청와대 문서관리시스템인 ‘e지원’ 시스템을 통해 남북정상회담 대화록을 보고했고, 백 전 실장의 중간 결재를 거쳐 같은 달 21일 노 전 대통령의 최종 결재를 받았다.
이후 조 전 비서관은 노 전 대통령의 지시에 따라 대화록을 수정해 1급 비밀형태의 회의록 문건으로 작성한 뒤 같은 해 12월 말에서 2008년 1월 초쯤 백 전 실장을 거쳐 노 전 대통령에게 다시 보고 했다.
노 전 대통령은 '회의록을 1급 비밀로 보관하라'는 취지의 지시와 함께 ‘e지원’에 있는 회의록 파일은 없애도록 하고 회의록을 청와대에 남겨두지 말라는 취지의 지시를 했다는 것이 검찰 측의 설명이다.
이에 백 전 실장 등은 2008년 1월 2일 국정원에서 회의록을 1급 비밀로 생산토록 하고, 조 전 비서관은 별도로 보관하고 있던 회의록 문건은 파쇄한 것으로 조사됐다. 이미 결재된 대화록 초안은 역시 'e지원' 삭제매뉴얼에 따라 삭제된 채 조사됐다.